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BgeeDB 2.10.0 Julien Wollbrett , Julien Roux , Andrea Komljenovic , Frederic Bastian
Snapshot Date: 2019-10-15 17:01:26 -0400 (Tue, 15 Oct 2019) |
URL: https://git.bioconductor.org/packages/BgeeDB |
Branch: RELEASE_3_9 |
Last Commit: 3b2ef66 |
Last Changed Date: 2019-05-02 11:54:01 -0400 (Thu, 02 May 2019) |
| malbec2 | Linux (Ubuntu 18.04.2 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | | |
tokay2 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | [ ERROR ] | skipped | skipped | |
celaya2 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | OK | |
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### Running command:
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### chmod a+r BgeeDB -R && C:\Users\biocbuild\bbs-3.9-bioc\R\bin\R.exe CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data BgeeDB
###
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* checking for file 'BgeeDB/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'BgeeDB':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building 'BgeeDB_Manual.Rmd' using rmarkdown
Loading required package: topGO
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call,
duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect,
is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply,
setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which,
which.max, which.min
Loading required package: graph
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor
Vignettes contain introductory material; view with
'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
Loading required package: GO.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: stats4
Loading required package: IRanges
Loading required package: S4Vectors
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: SparseM
Attaching package: 'SparseM'
The following object is masked from 'package:base':
backsolve
groupGOTerms: GOBPTerm, GOMFTerm, GOCCTerm environments built.
Attaching package: 'topGO'
The following object is masked from 'package:IRanges':
members
Loading required package: tidyr
Attaching package: 'tidyr'
The following object is masked from 'package:S4Vectors':
expand
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.10.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes
trying URL 'https://r.bgee.org/bgee13/?page=species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.10.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
downloaded 707 bytes
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.10.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.tar.gz'
..........
downloaded 10 KB
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM.tar.gz'
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