Zheng Wei
| Snapshot Date: 2019-04-08 17:01:18 -0400 (Mon, 08 Apr 2019) |
| URL: https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2 |
| Branch: master |
| Last Commit: 19b2498 |
| Last Changed Date: 2018-10-30 11:54:38 -0400 (Tue, 30 Oct 2018) |
| Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.9 |
|
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| Package 1294/1703 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
| Rbowtie2 1.5.0 Zheng Wei
| malbec2 | Linux (Ubuntu 18.04.2 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | | ||||||
| tokay2 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | OK | OK | | ||||||
| celaya2 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | [ OK ] | | ||||||
| merida2 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | OK |
| Package: Rbowtie2 |
| Version: 1.5.0 |
| Command: rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.5.0.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir |
| StartedAt: 2019-04-09 07:36:48 -0400 (Tue, 09 Apr 2019) |
| EndedAt: 2019-04-09 07:39:09 -0400 (Tue, 09 Apr 2019) |
| EllapsedTime: 140.9 seconds |
| RetCode: 0 |
| Status: OK |
| PackageFile: Rbowtie2_1.5.0.tgz |
| PackageFileSize: 1.403 MiB |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.5.0.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir ### ############################################################################## ############################################################################## >>>>>>> >>>>>>> INSTALLATION WITH 'R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --library=Rbowtie2.buildbin-libdir Rbowtie2_1.5.0.tar.gz' >>>>>>> * installing *source* package ‘Rbowtie2’ ... ** using staged installation (cd adapterremoval && (make clean -f Makefile)) rm -f AdapterRemoval rm -f ../../inst/AdapterRemoval rm -f *.o (cd bowtie2 && (make clean -f Makefile)) rm -f ../../inst/bowtie2-align-s rm -f ../../inst/bowtie2-build-s rm -f bowtie2-align-s rm -f bowtie2-build-s rm -f *.o rm -f *.so rm -f *.o ** libs ** arch - mkdir -p ../inst (cd adapterremoval && (make CXX="g++ -std=gnu++11" -f Makefile)) g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c adapterset.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c alignment.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c argparse.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c debug.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_enc.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_io.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader_joined.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_adapter_id.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_adapter_rm.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main_demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c scheduler.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c strutils.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c threads.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c timer.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c trimmed_reads.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c userconfig.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c main.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -o AdapterRemoval adapterset.o alignment.o argparse.o debug.o demultiplex.o fastq.o fastq_enc.o fastq_io.o linereader.o linereader_joined.o main_adapter_id.o main_adapter_rm.o main_demultiplex.o scheduler.o strutils.o threads.o timer.o trimmed_reads.o userconfig.o main.o clang: warning: argument unused during compilation: '-pthread' cp AdapterRemoval ../../inst/ (cd bowtie2 && (make CXX="g++" -f Makefile)) g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" 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third_party -pthread -c -o ref_read.o ref_read.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o alphabet.o alphabet.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o shmem.o shmem.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 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reference.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o ds.o ds.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o multikey_qsort.o multikey_qsort.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY 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loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (Rbowtie2) >>>>>>> >>>>>>> FIXING LINKS FOR Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so >>>>>>> install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libgcc_s.1.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgfortran.3.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libgfortran.3.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.5.2.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libreadline.5.2.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libreadline.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libquadmath.0.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libquadmath.0.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so"