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### chunk number 1: a1
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d <- DNAString("TTGAAAA-CTC-N")
is(d, "XString")


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### chunk number 2: b1
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v <- XStringViews(c("TTGAAAA-C", "TC-N"), "DNAString")
v


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### chunk number 3: c1
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library(hgu95av2probe)


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### chunk number 4: c2
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system.time(z <- XStringViews(hgu95av2probe$sequence, "DNAString"))
z


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### chunk number 5: d1
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file <- system.file("extdata", "someORF.fa", package="Biostrings")
orf <- read.XStringViews(file, "fasta", "DNAString")
orf
names(orf)


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### chunk number 6: e1
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orf2 <- XStringViews(orf, "RNAString")


###################################################
### chunk number 7: e2
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subject(orf)@xdata
subject(orf2)@xdata